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一.獨立性先天不足
按照目前出版業的有關規定，每一種期刊出版單位必須有符合國務院出版行政主管部門認定的主辦單位及其主管機關，若無主辦或主管單位，則需要掛靠在某個具備獨立法人資質的單位名下，期刊出版單位直接與其相關的機關、部門、企事業單位掛鉤，或者成為其下屬二級單位。換言之，學術期刊隸屬于體制內，期刊作為市場主體的自主能力難以發揮，這樣的管理模式必然會削弱其參與市場競爭的能力。同時，學術期刊主管或主辦單位的法人不應作為該刊物的法人，新聞出版行政管理部門要求學術期刊必須擁有自己獨立的法人，在出版許可、經營許可、年度審核等方面完全以獨立法人身份來辦理，但在辦刊經費、行政管理、辦刊理念、運作細節等方面又基本不獨立，必須服從于主管或者主辦單位。在這種情況下，學術期刊的獨立法人資質有名無實，期刊在本質上仍然是出版行政主管部門掌握、調控的一種資源，市場機制的作用得不到發揮。
二.靈活性先天不足
在風格上，學術刊物具有相對的穩定性，在裝幀設計、欄目設置、文章風格等方面追求經典化，刊物的風格一旦形成，習慣于保持整體的延續性，很少出現較大的改變。在經營上，學術期刊雖然具有廣告經營的權力，但只有少部分刊物通過這種手段獲取收益，這種經營方式在眾多學術期刊中不占主導地位，而且這些收益并非全部直接注入辦刊經費中去。與學術期刊不同，各類報紙、通俗刊物的經營方式則靈活多變，可以通過刊登廣告、企業贊助等方式獲得經濟效益。除了嚴格遵守基本的政治原則之外，這些報刊還可以根據社會輿論、公眾需求、市場導向等因素隨時進行各種調整，具有很強的靈活性。這種靈活性賦予了報刊較大的經營自主權，辦報辦刊者在追求報刊品位的同時，可以充分考慮成本與收益的問題。例如，某些報刊甚至可以完全不計成本，完全依靠廣告收益和其他方面的收益維持運轉。此類做法不僅可以彌補成本上的損失，而且能夠盈利，而對學術刊物來說則幾無可能。
三.通俗性先天不足
學術期刊是一個“非大眾化”的產品，主要面向高等院校和科研機構的從業者，是科研工作者寫作、出版研究成果的重要渠道，普通讀者群不是它所定位的服務對象。長期以來，學術期刊基本形成了一套獨特的話語體系，作者和刊物編輯均習慣用“學術性”的語言來表達自己的觀點，逐漸形成了一個獨具特色的“學術生產共同體”。在這個共同體內，生產者已經養成了所謂的“學術化”的職業習慣，甚至出現文章越是“曲高和寡”，越深奧難懂，其價值就越大，公眾閱讀能力范圍內的大白話反而成了學術水平不高的一種表現。中國的學術刊物不像Science雜志那樣要求用通俗語言去闡釋科學現象，更沒有提出論文的表述要照顧到不同讀者的需求。因此，通俗性先天不足導致學術期刊不能更直接地面向大眾，只能在有限的群體內傳播，受眾數量自然難以擴大，這是其全面市場化的一大障礙。
四.商品性先天不足
學術期刊的商品性先天不足主要表現在兩個方面：一是，大多數學術期刊生產出來之后，只有少量屬于作者和訂閱者，其余印刷品的去向主要是贈閱和“回爐”，基本沒有進入市場發行、流通。二是，學術期刊標定的價格并不完全是根據商品的成本進行利潤核算之后制定出來的。雖然學術期刊的生產需要一定的成本，出版單位在印刷的時候也標定了其作為商品的價格，但由于沒有足夠的發行量支撐，如果嚴格按照其標定的價格發行銷售，不僅不能盈利，甚至連收回成本都存在困難。另外，本就先天不足的學術期刊，其商品性在出版之后被電子數據庫再次弱化。目前，很多紙質學術期刊出版之后被制作成電子文獻，以電子數據庫為中介進行交易，但這種交易不是發生在學術刊物和消費者之間，而是發生在電子數據庫和消費者之間。由于當前學術評價體系依賴電子數據庫確認發表信息的真實性，大多數學術期刊難以與之抗衡，反而要主動要求進入電子數據庫。在這一過程中，這些電子數據庫成為學術期刊電子產品交易的總，而學術期刊從中獲得的收益卻微乎其微，其商品性因此被大大弱化。
以目前的情況，學術期刊全面市場化是不現實的，雖然個別學術期刊中存在著收取版面費、變相的廣告費等現象，蘊含著一定的市場化因子，但這些現象的存在主要與當前的科研評價機制有關，不能說它具有市場化的巨大潛力。即使要推行學術期刊的市場化運作，也必須分步驟、有選擇地推進，既不能急于求成，更不能期望一步到位。同時，應適當保留一部分具有很高學術聲譽、不以營利為目的的權威期刊，并予以財政支持，以保證學術研究的純潔度和獨立性。